После удаления приложений Flatpak в системе остаются различные данные (файлы, настройки)
В приложении автоматически выбран еще пункт неиспользуемые системные файлы. Рекомендуем оставить его выбранным. Это профилактическое действие по очистке системы. Все подробности что именно удаляется можно прочитать в аннотации внизу приложения. Для удаления только остатков flatpak можно оставить только галочку напротив соответствующего пункта.